Mit dem Modul medo.core Payments existiert ein komplettes Abrechnungstool für die Rechnungserstellung und Verwaltung. Über eine Exportfunktion kann der Steuerberater und DATEV eingebunden werden. Die Online-Version beinhaltet eine Zahlungsabwicklung über Stripe oder einen XML-Export, zu können wiederkehrende Zahlungen eingezogen werden. Rechnungserstellung erfolgt auf der eigenen Briefpapiervorlage, so können Einzelleistungen, Vertragsleistungen und Kontingente abgerechnet werden.